Trước khi Electronic Arts mua lại nhà phát triển Sim Maxis vào năm 1997, kế hoạch ban đầu được đưa ra vào năm 1996 để phát triển SimCity 3000 như một tựa game 3D hoàn chỉnh, phù hợp với sự nổi lên của trò chơi điện tử 3D.[5] Mặc dù ý tưởng này được đội ngũ nhân viên coi là không khả thi bởi vì đòi hỏi quá cao về mặt đồ hoạ, quản lý Maxis đã thúc đẩy khái niệm này, và trò chơi đã được phát triển trong vòng một năm.[5] Khi trò chơi được công bố lần đầu tiên tại E3 năm 1997, nó là "trải nghiệm vẫn được coi là một sự bối rối."[5] Phiên bản 3D của trò chơi được kỳ vọng sẽ trở thành một thất bại, và sự ra mắt trong tương lai của nó thậm chí còn được xem là bước ngoặt cho một Maxis đang hoạt động kém dần, vốn gặp phải thất bại trong việc phát hành các tựa game có lợi nhuận trong những năm kể từ khi ra mắt SimCity 2000.[5]

Sau khi EA hoàn thành việc mua lại Maxis, Luc Barthelet đã được EA bổ nhiệm làm tổng giám đốc mới của Maxis.[6] Ông đã gặp rắc rối bởi Sim City 3000 3D, đặt câu hỏi về khả năng tồn tại của một trò chơi với đồ họa như vậy.[7] Cuối cùng, phiên bản 3D đã bị loại bỏ hoàn toàn, Lucy Bradshaw đã được đưa vào EA từ tháng 11 năm 1997 để dẫn dắt dự án Sim City 3000, và một bản sửa đổi mới dựa trên đồ họa 2D giả 3D và sprite của Sim City 2000 được làm lại từ đầu.[7] Kế hoạch mới này tập trung vào việc giữ lại engine cốt lõi của trò chơi, thay vào đó là nâng cấp nhiều tính năng nhỏ hơn trong game, chẳng hạn như bản đồ lớn hơn, mức độ phóng to thu nhỏ mới và các thông số gameplay bổ sung.[7][8]

Phiên bản thứ hai của Sim City 3000 nhận được sự đón nhận tích cực hơn trong thời gian xuất hiện tại E3 năm 1998, và được đón nhận nồng nhiệt sau khi phát hành vào tháng 1 năm 1999 (mặc dù Maxis dự định game sẽ được phát hành vào dịp Giáng Sinh năm 1998; dù thế nào đi nữa, EA sẵn sàng đợi cho đến khi trò chơi được hoàn thành).[8]